नेपालमा भूमिगत पानीको उपयोगसम्बन्धी नीति तथा कार्यविधि बने पनि त्यसको पालना नगरी वा गलत प्रयोगमार्फत त्यस्तो जलको अनधिकृत प्रयोग भइरहेको छ। भूमिगत पानीलाई कच्चा पदार्थका रुपमा प्रयोग गरेर वार्षिक अर्बौं रुपैयाँसम्मको कारोबार गर्ने कम्पनीहरुले समेत वार्षिक २० हजार रुपैयाँमात्रै तिरेर असीमित रुपमा पानी प्रयोग गरिरहेका छन्। सफ्टड्रिंक र बोतलबन्द पानी उत्पादन गर्ने कोकाकोला, पेप्सीकोला तथा अन्य पानी कम्पनीहरुले समेत यसरी न्यून शुल्क तिरेर नाम मात्रैको प्रक्रिया पूरा गरी भूमिगत पानी प्रयोग गरिरहेका छन्। यस्ता कम्पनी र सामान्य आवश्यकता पूरा गर्नेहरुलाई पनि एउटै शुल्क तोकिएको छ। यो सरासर अनियमित काम हो।

साथै उपभोग र प्रयोजनका आधारमा शुल्क भूमिगत पानीको शुल्क निर्धारण हुनुपर्ने भूमिगत जलस्रोत व्यवस्थापन नीति, २०६९ को कानूनी व्यवस्था पनि कार्यान्वयन हुन सकेको छैन। २०७१ सालमा नै भूमिगत श्रोतको पानी उपयोग तथा परिमाणको आधारमा शुल्क लगाउन सकिने विषय तय भएकोमा ८ वर्ष बितिसक्दा त्यो कार्यान्वयन हुन सकेको छैन। त्यो हुन नसक्दा व्यापारिक तथा औद्योगिक प्रतिष्ठानले वर्षौंदेखि सस्तोमा पानीको चरम दोहन गरिरहेका छन्। ट्यूबवेलको अनुमति लिन २० हजार रुपैयाँ र वार्षिक जति पानी प्रयोग गरे पनि नवीकरणका लागि २० हजार रुपैयाँ मात्रै लिने गरिएको छ। त्यो सरासर सरकारी नियमकानूनको विपरीत हुन्छ।  त्यसैले तत्कालै पानीको उपयोग र परिमाणका आधारमा शुल्क निर्धारण हुन आवश्क छ।

हालसम्म उपत्यकामा औद्योगिक तथा व्यावसायिक रुपमा नै ६ सय ५० भन्दा बढी ट्यूबवेल प्रयोगमा छन्। यसैगरी काठमाडौं उपत्यका खानेपानी लिमिटेड तथा विभिन्न समितिहरूकै समेत २ सय ४३ वटा ट्यूबवेल सञ्चालनमा रहेका छन्। लिमिटेड र विभिन्न समितिले त अझ सित्तैमा पानी प्रयोग गरिरहेका छन्।

भूमिगत पानी पनि एउटा प्राकृतिक स्रोत हो। यसको उपयोग सरकारी नियमकानूनको अधिनमा रहेर उचित मात्रामा हुनुपर्छ र त्यसको उपयोगबापत सरकार वा सम्बन्धित निकायले उचित मात्रामा रोयल्टी पनि पाउनुपर्छ। तर नेपालमा नियम र निर्देशिका बनेको छ। तर त्यो अनियमित र अनधिकृत पानी दोहन गर्ने व्यावसायिक प्रतिष्ठानकै स्वार्थअनुकूल बनेको प्रतीत हुन्छ। वास्तवमा नेपालमा जे भइरहेको छ त्यो भूमिगत पानीका सन्दर्भमा अन्तर्राष्ट्रिय रुपमा रहेका अभ्यास र नेपालकै कानूनी व्यवस्थाको बर्खिलाप छ। वास्तवमा यो एक किसिमको अपराध नै हो।

नेपालमा भूमिगत पानीको उपयोगका सन्दर्भामा अदालतमा मुद्दा परेको र अदालतले व्याख्या गरेको पाइँदैन । तर छिमेकी मुलुक भारतको ग्रीन ट्राइबुनलले सन् २०२० मा भूमिगत पानीको अनधिकृत प्रयोग अपराध भएको फैसला गरेको छ। साथै भूमिगत जलको दोहन गर्ने कार्यलाई रोक्न तथा त्यस्तो गरिरहेकाहरुबाट जरिवाना अशुल गरेन पनि उसले भारतका राज्य प्रदूषण नियन्त्रण बोर्डहरुलाई आदेश दिएको छ।

अर्कातिर भूमिगत पानी पुनर्भरण नगर्ने तर कानूनविपरीत प्रयोग भने गरिरहने कम्पनीहरुलाई पनि सरकारले कारबाही गर्न सकेको छैन। निर्देशिकाको बुँदा नम्बर १३ मा भनिएको छ, 'भूमिगत श्रोतको पानी उपयोगको अनुमति पत्र पाएको उपभोक्ताले भूमिगत पानी पुनर्भरणको व्यवस्था गर्नुपर्नेछ। पुनर्भरणको लागि आफ्नो क्षेत्र अपर्याप्त वा अपायक भएमा सार्वजनिक ठाउँ, विद्यालय, कलेज इत्यादि खुला क्षेत्रमा भएको ठाउँमा प्रस्ताव गर्न सकिनेछ।' तर त्यसरी पानी उपयोग गरिरहेकामध्ये ६० प्रतिशतभन्दा बढीले पुनर्भरणको संरचना नबनाउँदा पनि नियामक मुकदर्शक बन्नु आश्चर्यको विषय हो। 

भूमिगत श्रोतको पानी निकाल्दा ऐतिहासिक, पुरातात्विक पानीको स्रोतमा असर परेको, पानी निकाल्ने कार्यबाट स्थानीय वातावरणमा प्रभाव परेको वा अन्य उपभोक्ताहरूलाई प्रत्यक्ष असर परेको देखिएको अवस्थामा अनुमति पत्र रद्द गर्नेसम्मको कारबाही गर्न सकिने व्यवस्था कानूनमा छ। तर यस क्षेत्रको नियमन गर्ने काठमाडौं उपत्यका खानेपानी व्यवस्थापन बोर्डले न यसको अनुगमन गर्छ न छानबिन गर्छ। भूमिमगत पानीका सन्दर्भमा भइरहेको यस्तो अराजकताको अन्त्य गर्ने दायित्व सरकारको हो।